haddock #1

haddock이란?
: 구조를 알고 있는 단백질(혹은 nucleotide)과 리간드(단백질, 펩타이드, nucleotide, 금속이온, 작은 biomolecule등등)를  chemical shift perturbation등의 정보를 이용해서 docking시켜 주는 프로그램.

1. Haddock 웹사이트
http://www.nmr.chem.uu.nl/haddock/

- 프로그램을 다운로드 받을 때 필요한 '라이센스 요청서'를 얻을 수 있음.
- docking에 필요한 restraint들을 작성할 수 있음
- 계산 결과를 직접 분석하는 방법에 대해 적혀있음

2. haddock webserver
http://haddock.science.uu.nl/services/HADDOCK/haddock.php

- 프로그램을 설치하지 않고, 웹서버에서 계산을 돌릴 수 있음
- 간단히 등록 가능(이름과 기관명 정도..?). 단, easy interface만 사용가능
- expert나 guru 레벨로 사용하기 위해서는 자격을 갖추어야 함(아직 불분명;;)
- easy interface로 가능한 것들

* 단백질,DNA,RNA,펩타이드,금속이온
* chemical shift perturbation정보만 사용가능

3. E-grid haddock webserver
http://haddock.science.uu.nl/enmr/services/HADDOCK/haddock.php

- 프로그램을 설치하지 않고, 웹서버에서 계산을 돌릴 수 있음
- 등록하기 상당히 까다로움(KISTI에 grid인증을 받아서 개인 컴퓨터에 IP를 등록해서 다시 e-NMR에 등록을 해야 하는;;; 때문에 등록 시도하다가 중도포기;;)
- 위의 2와 동일하지만, 좀더 빠른 속도와 안정성이 예상됨.


4. 유저 그룹
http://tech.groups.yahoo.com/group/haddock-discuss/

- haddock을 사용하다가 모르는 점이 있을 때 물어보기 편함.
- 대답은 상당히 빠른 편 (너무 뉴비스러운 질문이나 예의에 어긋나지만 않으면;;)
- CNS에 대한 건 CNS 유저그룹에서 물어보도록..
http://tech.groups.yahoo.com/group/cnsbb/
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