검색결과 리스트
List에 해당되는 글 22건
- 2018.03.13 Icon-nmr night모드시 멈추는 사태 해결...
- 2012.10.18 cyana 3.0 맥에서 compile하기
- 2012.04.02 spakry 64bit linux에서 사용하기
- 2011.10.28 Pymol 설치 방법
- 2011.06.20 ITC 간단 가이드..
- 2011.05.12 합성된 peptide desaliting하는 방법
- 2011.05.11 Water refinement of NMR structure(by cyana) using CNS
- 2011.05.05 MAC에서 텔넷으로 한글을 쓰는 방법.
- 2011.04.26 bonobo 문제로 nautilus가 작동하지 않을때...
- 2011.04.25 Mac에서 확장자 연결 변경
글
Icon-nmr night모드시 멈추는 사태 해결...
이 설정 저 설정 다 건드려봐도 해결이 안됨.
설마 하는 심정으로 그냥 낮/밤 전환시간을 00:00에서 23:50으로 바꾸어 봤더니 '문제있었어?' 라는 듯이 멀쩡하게 작동 -.-;
혹시 ICON-NMR에서 Night mode 가 이상하게 작동하지 않을 경우에는,
00:00으로 설정된 Night mode시간을 다른 시간으로 변경하고 실행하면 해결...
참고로 문제해결 방법 괜히 ICON-NMR설정집에도 안적혀 있고 구글해도 안나옴 -.-;
정말 컴퓨터 삽질 역사가 이런데 도움이 될 줄은 몰랐네..허허...
글
cyana 3.0 맥에서 compile하기
------------------------------
환경
2011 MacBook Pro
Snow Leopard
Intel fortran compiler(2011)
--------------------------------
이후 맥북 + 라이언/마운틴라이언도 별 문제 없을 거임.
스노우 레오파드에는 포트란 2013버전이 설치가 안되므로 2011버전을 설치했음.
##
cyana 2.1을 맥에서 컴파일하는 것과 비슷한 상황이라 비슷하게 해결.
참고로 cyana 3.0은 판매되고 있지 않으므로,
라이센스를 허락받은 사람만 소스파일을 가지고 있을 거임.
일단 간단하게 적어보면
과정
1. xcode 설치
2. ifort 설치 (intel fortran compiler를 설치하면 됨. 30일 평가판을 받아서 설치할 것
- OSX 10.7이상은 2013 버전을, 이하는 2011버전이나 알맞는 버전을 받을 것
3. 일단 cyana 소스 원본은 따로 보관해 둘 것
## 수정해야 하는 파일은
### cyana-3.0/etc/config.in
### cyana-3.0/src/inclan/unix.for
### cyana-3.0/src/inclan/inclandata.f
기본 설정으로 문제가 없으면 그대로 진행하면 되겠지만,
문제가 있는 사람들은 위의 세 파일을 수정해야 함.
3.1.
config.in에서는 intel 항목 혹은 gfortan 항목을 OSX에서 컴파일 가능하게 바꾸어야 함.
ifort를 사용하는 사람은 수정할 필요없음.
gfortran을 사용하는 사람은 적당히...(....O.O)
(고치려다가 귀찮아서 수정안함... 어차피 ifort를 쓰는지라.)
3.2.
unix.for에서는 iexpir이 있는 라인을 수정해야 함.
허가받은 날짜를 확인해서 알맞게 증가시키면 될 거 같지만...
수정을 부탁받은 소스파일에 뭔가 문제가 있는지,
날짜를 수정해도 계속 expired라고 나오길래,
그냥 expiration관련 라인들을 다 코멘트 처리... (....O.O)
fortran을 모르더라도, if문을 이해하는 사람이라면 쉽게 고칠만 한 수준의 작업임...
3.3.
inclandata.f 에서는 end 바로 위의 두 라인이 'save ~~~'로 시작하는데, 그걸 'common ~~'으로 변경해주면 됨.
(즉 end라니 바로 윗줄과 그 바로 윗줄 => 총 2개 라인을 수정,
위는 save~~ 로 아래는 *~~ 되어있는데 둘다 common~~으로 )
4. 컴파일 시작.
## 일단 깨끗한 상태로 시작해야 하니
$ make clean
## 컴파일할 땐
$ make
## 사용할 컴파일러는 intel로 하면 됨.
컴파일이 끝나고 나면 에러 메세지가 뜨는데, 무시하자. -.-;
수정 더하면 에러메세지가 안나올 수도 있겠지만.... 쓰는데 문제없음 -.-;
5. 이후
$ make install
심볼릭 링크 둘 디렉토리와 컴파일될 파일 둘 위치를 입력하면 됨
소스파일이 있는 디렉토리에 덮어쓰는... 짓을 하지 말자. T.T
6. 제대로 컴파일이 되었는지 확인해 보려면 cyana를 실행시킨다.
$ cyana
제대로 돌아갔는지 확인해 보려면 cyana 프롬프트에서 syscheck를 한다.
cyana> syscheck
7. 경로를 추가하던 심볼릭 링크를 만들건 alias를 만들건 편하신 대로...
끝맺음.
- cyana 3.0이 cyana 2.1보다 좋은데 왜 아직도 정식으로 판매를 안하시는 건지...
- ifort로 컴파일하는 것이 gfortran으로 컴파일하는 것보다 성능이 더 좋으니
귀찮아도 왠만하면 ifort로...
- 라이센스를 가지고 있는 분께 맥에서 사용가능하도록 컴파일 해달라고 부탁받아서 수정한 겁니다. 라이센스 권한은 저에게 없으니 소스파일 요청은 하지 말아주세요.
(어차피 누군지도 공개 안했으니 누군지 모르시겠지만 ^-__-^ 뭐 뒷조사 하면 다 나오긴 하지...-.-)
글
spakry 64bit linux에서 사용하기
(수정 2016.11.30)
NMRFAM에서 수정하여 재배포하고 있는 64bit버전을 받아가면 됩니다.
(NMRFAM 이웅희 박사님께서 알려주셨습니다.)
64비트 리눅스 사용자분들께서는
http://pine.nmrfam.wisc.edu/download_packages.html
에서 다운로드 하여 사용하시면 됩니다.
32bit에서는 아무런 문제가 없으니 그냥 받아서 설치할 것.
아래 방법은 64bit linux에서 문제가 생겼을 때 사용하는 방법.
1. sparky를 ucsf에서 download한다.
http://www.cgl.ucsf.edu/home/sparky/
2. 압축을 푼다.
(공용 컴퓨터이면 /usr/local 에 설치하는 것이 편함. 아니면 편한 장소에서)
tar xvfz sparky-linux2.6.tar.gz
3. PATH 설정을 해준다. (옵션)
.cshrc 에서 PATH 를 추가해준다.
setenv PATH "/usr/local/sbin:/usr/sbin:${PATH}:${HOME}:/usr/local/sparky/bin"
4. sparky를 실행하면 다음과 같은 에러가 발생할 수 있음.
" libX11.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory "
root권한을 획득한 후 (fedora, CentOS => su , ubuntu => sudo 혹은 su -i)
yum install openmotif.i686
(ubuntu의 경우에는 apt-get을 사용)
5. 설치후 다른 에러메세지가 발생한다.
" libstdc++.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory "
yum install libstdc++.i686
(ubuntu의 경우에는 apt-get을 사용)
6. 실행하면 보통은 문제가 없이 실행.
문제가 생기면 해당되는 library를 yum이나 apt-get으로 추가 설치할 것.
### comment
1. sparky는 32bit 라이브러리만 사용하기 때문에, 64bit 리눅스에서는 에러가 난다.
x86_64는 64비트 라이브러리가 32비트와 하위호환이 되지 않지만,
i686은 32비트와 호환되므로
이후의 nmrpipe를 비롯하여 32bit/64bit 호환문제를 겪는 프로그램들의 경우
i686 라이브러리를 설치해보는 시도를 해봐도 괜찮음.
2. yum에서 error가 날 경우에는 repo가 너무 옛날 것이거나 잘못 수정되어있을 수 있으니
repo를 수정할 것.
글
Pymol 설치 방법
B. 우분투 : 소프트웨어 센터에서 pymol로 검색해서 설치.
C. 맥
1. 일단 해당 링크 참조
http://goo.gl/KdK5G
2. fink로 pymol을 설치를 시도
- sudo fink install pymol-py27
(Mac에 설치되어있는 python 버전에 맞게 선택. )
주의!! : python 2.6 버전은 pymol compile할 때 문제가 있음.
python 2.5로 내려가서 설치하던지 아니면 2.7로 올려서 설치할 것.
(이것때문에 얼마나 생고생을 했던지.... 이글을 쓰는 이유도 단지 이거 하나때문.
2.6버전 설치하면서 고생한 내용을 적을려고 작성했는데,
게시판 글 보고 OTL후 2.7로 전향한 후 해결한 지라 짧아짐. )
글
ITC 간단 가이드..
Method_ITC_modified.pdf너무 오랫동안 글을 올리지 않은 거 같길래 오랜만에....
ITC를 할 때 가장 큰 문제가 error가 크다는 점이므로,
DTT 사용 금지.
TRIS 사용 금지,
불순물 filter + centrifuge로 제거는 꼭 하는 편이 좋....지... 않을지;;;
글
합성된 peptide desaliting하는 방법
2kDa 이하의 peptide를 desalting할 때는 아래에 있는 방법을 쓰면 되고,
2kDa이상이면 그냥 mini-PD10등으로 하시길.
5kDa 크면 NAP5나 dialysis, GPC등으로..
Sephadex G-10, G-25, G-50등의 핸드북
http://is.gd/KRKqYJ
1.
원문은 여기
http://is.gd/iwb0Bl
그냥 한글로 보기 좋으라고 나름 번역만 함;
###############################################################
desalting peptide
1. 20~40mg의 peptide를 1~2ml 증류수에 녹인다.
참고사항 :
- crude peptide가 약 50% salt를 포함되어있다고 가정한 상황임.
- peptide가 물에 잘 녹지 않는 경우에는 pH를 낮춰본다.
- 내가 주문한 제품은 Sep-pak C18 Catridge : WAT020515 (Waters)
- HPLC grade 용매는 Merck나 Ficher제품을 사용하면 됨
2.
그냥 센돌이에서 하는 방법도 있음.
http://is.gd/vwIk6R
귀찮아서 찾아보진 않았지만, VIVA인 걸 보니, Pierce제품인듯 싶으니 좀만 찾아보면 나올듯;;
글
Water refinement of NMR structure(by cyana) using CNS
cyana로 구조를 계산한 이후에 Water refinement를 해야 하는데,
xplor/CNS등으로 해야하는데, 아무래도 사용법이 어렵다 보니
다른 사용자들이 만들어 놓은 script들을 이용하여 계산하는 게 편함.
1.
일단 기본 링크
http://www.nmr2.buffalo.edu/nesg.wiki/Structure_Refinement_Using_CNS_Energy_Minimization_With_Explicit_Water
이거 보고 따라할 수 있으면 좋겠지만...
읽어보면 알겠지만, 세팅하는 게 만만치 않다.
차라리 cns를 수동으로 돌리는 게 더 쉬울 정도로.
(수동으로 돌리는 방법도 적혀있기는 하지만 ;;;)
-----------------------------
2-1.
그러니 정진원 박사님 스크립트로 계산 하는 게 가장 편함..
http://anotherday.tistory.com/460
돌리는 순서는 해당 블로그 지시사항을 참고.
참고로 cns은 1.21 버전을 사용할 것(1.3으로 돌리면 버전이 안맞는 다는 에러가 뜰 것임)
필요한 준비물은 cyana output 뿐
...
인데, 돌려보면 알겠지만 cyana 2.1 기본 세팅으로 돌리면 cor 가 생성이 안된다.
계산돌릴때 새로 cor가 생성되게 해도 좋겠지만,
이미 돌려버린 계산을 다시 돌릴 필요없이 그냥 다음과 같이 해서 cor화일을 형성하는 게 좋음.
########################
$ cyana (enter)
cyana> write cor final.cor
########################
h2orefine.py를 실행시키면 generate.inp, rebuild.inp, re_h2o.inp 이 형성이 되고,
순서대로 실행하면 되는데...
------------------------------------
2-2.
이상하게 내가 돌린 cyana 2.1 결과물에서는 pdb conversion에서 문제가 있음;;
그래서, 혹시나 나처럼 water refinement에 문제가 있는 경우에는
임시로 돌리는 방법을 추가해 봄 (나중에 문제가 해결되면 수정할 예정)
위에서 만들어진 generate.inp, rebuild.inp, re_h2o.inp를 챙겨두고..
cyana 계산을 돌린 곳에서
############################
$ cyana
cyana>translate xplor
cyana>write cor aaa.cor
cyana>read aco final.aco
cyana>translate xplor
cyana>write aco aaa_dihe.tbl xplor
cyana>pseudo=0
cyana>read pdb final.pdb
cyana>translate xplor
cyana>write pdb aaa.pdb all
cyana>read upl final.upl
cyana>translate xplor
cyana>pseudo=3
cyana>write upl aaa.upl xplor
############################
으로 입력화일들을 따로 준비한다.
그 상태에서 1개의 화일로 된 aaa.pdb를
$ pdb split aaa.pdb testcy
로 계산에 사용될 pdb template를 20개로 나누어 PDB/ 디렉토리 밑에 복사해둔다.
그리고 나서
$ cns < generate.inp
$ cns < rebuild.inp
$ cns < re_h2o.inp
를 실행하여 water refinement를 하면 된다.
글
MAC에서 텔넷으로 한글을 쓰는 방법.
맥에서 있는 기본 터미널로 텔넷을 접속하려고 하면 한글이 왕창 깨져서 나옴.
폰트 문제인가 싶어서 폰트를 바꾸어 봤지만, 역시나....
그래서 다른 터미널 프로그램이 필요..
iTerm
http://sourceforge.net/projects/iterm/
1.
이거 설치후에 위쪽 메뉴에서 'Show Session Info...'를 선택.
그 후 session탭에서 encoding 을 Korean(EUC)로 변경후, update Default를 해주면 됨.
일단 이렇게 하면, 한글을 보는 것은 문제가 없음...
그러나, 텔넷으로 접속하면 한글 입력에 여전히 문제가 있는데...
(없으면 그냥 쓰면 되고)
2.
텔넷에서 한글 입력을 위해서는 telnet이 아닌,
telnet -8 xxx.xxx.xxx.xxx 으로 접속하면 됨.
(-8명령어는 8bit로 접속하라는 옵션이라는데 정확한 건 모름...)
아무튼 이걸로 문제 해결 끝.
뭐 요즘 telnet쓰는 사람이 얼마나 되겠냐 만은;;;;
(보안을 위해서는 SSH를 써야하니까;;
내게 텔넷은 그냥 bbs 접속용;;;)
글
bonobo 문제로 nautilus가 작동하지 않을때...
리눅스를 잘 쓰다가 어느날 껐다 켰을 때 아래와 같은 에러가 났을 경우,
"Nautilus can't be used now, due to an unexpected error from Bonobo when attempting to locate the factory, killing bonobo-activation-server and restarting Nautilus may help fix the problem"
생각해 볼 수 있는 문제점은
1. 최근에 하드웨어를 교체했거나 드라이버를 업데이트한 경우 (특히 그래픽 드라이버;;)
2. CMOS bios가 리셋이 된 경우
이번 경우에는 cmos 배터리가 다 닳아서 생긴 문제.
(처음 부팅할 때 date설정에 문제있다는 메세지가 떠있어서 금방 알기는 함;;)
처음에는 X11관련 문제인줄 알고, /var/log를 봐도 딱히 큰 문제점을 발견하지 못해서
구글신에게 에러 메세지 넣고 질문.
bonobo가 뭔지 몰라서 배터리 문제와 연결시켜 생각 못하다가 다음 링크글 읽고 나서야 확신.
http://fedoraforum.org/forum/showthread.php?t=181986
애플 파워북에 페도라를 깐 경우라서 처음에는 눈여겨 보지는 않았는데, 댓글중에
"If it's before Jan 1st 1970, then bonobo will fail." 라는 말에 문제원인을 확신.
리눅스에 문제 생겼을 때 아는 거 다 해봐도 안될 땐,
언제나 하드웨어에 문제가 있다는 걸 다시금 깨달음;;;
(리눅스 깔아쓰면 보통 너무 오래 쓰다 보니;;;)
글
Mac에서 확장자 연결 변경
2. 다음으로 열기에서 프로그램 선택
3. 프로그램 선택 후에 '모두 변경' 선택
이 간단한 걸 몰라서 검색;;;
원래 간단한 게 오히려 눈에 안 띄긴 한다지만;;;
