ex- my - space.

지금 있는 곳이 이름이 있는 곳인 만큼....
해킹시도가 너무 많기 때문에 미리미리 대비해 놓아야 하는데 그럴때 쓰는 프로그램.

1. fail2ban에 관한 간단한 소개
http://monac.egloos.com/1484326
2. 중국발 해킹시도에 대한 대처 방법들
http://kldp.org/node/73105
3. fail2ban설치부터 설정까지
http://gentoo-wiki.com/HOWTO_fail2ban

4. 다음과 같은 에러가 났을 때 대처 방법
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ERROR  Unable to create PID file: [Errno 2] No such file or directory: '/var/run/fail2ban/fail2ban.pid'
----------------------------------------------
http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?pid=1689908
(프랑스어로 되어있으니 구글번역기 돌려서 읽으면 됨)
간단하게 정리하면
#mkdir /var/run/fail2ban
#chmod 755 /var/run/fail2ban
임.

5. fail2ban 다운로드 페이지
http://www.fail2ban.org/wiki/index.php/Downloads

1. 개인 사용 vs 전체 사용
 먼저 설치할 디렉토리를 정해야 하는데, NMRPipe는 설치할 때 딱히 root권한이 필요없기 때문에
혼자만 사용할 거면 구지 root로 설치할 이유가 없음.

다만 한 컴퓨터에서 여러 사람이 써야 할 경우 일일이 깔면 공간 낭비이므로, 관리자가 root권한으로 까는 게 바람직
이때는 /usr/local/밑에 까는 게 보통 : ex) /usr/local/nmrpipe

2. 설치

먼저 자기가 무슨 shell을 사용하는 지 알아야 하는데, 많이들 쓰는 게 bash, csh, tcsh 임.
자기가 무슨 shell을 쓰는 지 모르는 사람은
# echo $SHELL
을 실행하면 나오니 참고하길.

nmrpipe는 csh기반이므로 csh에서 설치를 해야 하고, bash에서는 제대로 설치가 되지 않는다...
고 하는데, install.com script 처음에 보면 "#!/bin/csh" 가 있기 때문에 설치에는 문제가 없는 모양..
(컴퓨터는 전공이 아니므로 틀려도 나는 모름 ...OO;;;; )

그냥 마음편하게 설치하면 됨..-.-;; bourne shell에서 여러번 설치해봤지만, 문제 없었음


나같은 경우에는 홈디렉토리에 src를 만들어 소스화일들을 보관하고
프로그램은 홈디렉토리에 nmrpipe를 만들어 설치하므로 그에 맞춰 적으면

source화일 담을 디렉토리 만들고,
# mkdir /home/xxxx/src/nmrpipe

다운로드 받은 화일들을 위의 디렉토리에 복사한다.
# cp * /home/xxxx/src/nmrpipe

설치할 폴더로 이동한 후..
# cd /home/xxxx/src/nmrpipe

자동설치를 위해 script들을 실행가능(excutble)한 화일로 속성을 바꾼다.
# chmod u+x install.com
# chmod u+x binval.com

그다음에 자동설치를 실행한다.
# ./install.com /home/xxxx/nmrpipe +src /home/xxxx/src/nmrpipe

뒤의 +src는 좀 깔끔하게 깔기위해서고, 그냥 소스화일이 있는 곳에 설치하려면 필요없음

3. 설치후 환경 설정.
바로 전에서도 언급했지만, NMRPipe는 C-shell기반이므로 환경설정을 .cshrc에서 해줘야 함.

C-shell 환경 설정화일을 vi editor로 열어주면
# cd ~      : 홈디렉토리로 돌아가서 고쳐줘야 함.
# vi .cshrc
(혹시나 vi를 사용하지 못하는 사람들은 gedit라는 프로그램을 쓰면 되긴 하지만,
vi를 사용하는 것이 차후 다른 프로그램 사용할 때도 편하니 미리 익혀두는 게 좋음. )

vi로 .cshrc를 열었으면 여기에
------------------------------------------------------
source /home/xxxx/nmrpipe/com/nmrInit.linux9.com

if (-e /home/xxxx/nmrpipe/com/nmrInit.linux9.com) then
   source /home/xxxx/nmrpipe/com/nmrInit.linux9.com
endif

if (-e /home/xxxx/nmrpipe/dynamo/com/dynInit.com) then
   source /home/xxxx/nmrpipe/dynamo/com/dynInit.com
endif

if (-e /home/xxxx/nmrpipe/com/font.com) then
   source /home/xxxx/nmrpipe/com/font.com
endif
--------------------------------------------------------
를 붙여넣기 하면 됨.

그리고 옛날 버젼 중에는 기간제한이 걸려서 실행이 안되는 것도 있는데
이때는
--------------------------------
setenv NMR_CONT CORRECT
--------------------------------
를 추가해 넣어주면 됨.

그리고 nmrpipe나 nmrDraw를 아무곳에서나 실행시키고 싶으면 alias나 path로 연결해주면 되는데 C-shell을 쓴다면 .cshrc를 Bourne Shell을 쓴다면 .bashrc를 고쳐주면 된다.
# cd ~
# vi .bashrc

vi로 설정화일을 열었으면
다음 라인을 추가해 주면 된다.
---------------------------------------------------------------------------
export PATH=$PATH:/home/xxxx/nmrpipe/nmrbin.linux9:/home/xxxx/nmrpipe/com
---------------------------------------------------------------------------

명령어 프롬프트에서
# nmrDraw
를 실행시켰을 때 제대로 작동하면 ok.

홈페이지에서 권장하는 확인 방법은
           which nmrPipe          (Check that programs can be found)
           nmrPipe  -help         (Run program in help mode)
           man nmrPipe            (Check manual pages)
           bruker (varian delta)  (Run the graphical conversion interface)
           nmrDraw                (Run the graphical interface)
인데 편한 대로 ~~

1. 홈페이지

관련링크 : http://spin.niddk.nih.gov/NMRPipe/

여기에 접속하면 Frank Delagio(상당히 카리스마가 넘침.. 동화책쓴다는 이야기는 봤는데, 썼을까?)에게 e-mail을 보내서 NMRpipe를 다운로드 받을 수 있는 page에 access가능한 id와 passwd를 요청해야 한다.

NMRPipe를 받을 수 있는 홈페이지는
http://spin.niddk.nih.gov/NMRPipe/install/
(id와 passwd필요)

2. 들어있는 패키지

• NMRPipe: processing에 관련된 명령어 툴 
• NMRDraw: nmrpipe로 processing된 결과를 그래픽으로 보여주는 툴
• NMRWish: TCL/Tk 을 이용해서 분석하는 툴
• ACME: COSY에서 H-H 커플링을 측정하는 툴
• TALOS: 단백질의 dihedral angle을 예측해주는 프로그램
• DYNAMO: Simulated annealing 구조계산과 분석툴
• MFR: NMR 파라미터로 Fragment  homology 검색

3. 받아야 하는 화일

scirpt들

1. install.com
2. binval.com
   
3. INSTALL
4. DESCRIPTION
5. README
6. RECENT
   
7. nmrpipe.*.tar.Z (as appropriate for your system)
   
8. dyn.tar.Z (recommended, DYNAMO structure calculation)
9. mfr.tar.Z (optional, NMR Homology, Dipolar Coupling tools; requires DYNAMO)
10. pdbH.tar.Z (PDB Database, required for MFR and DYNAMO)
    
11. NMRPipe.tar (All-inclusive archive, takes the place of 3-10 above.)

11번의 경우  귀찮으면 그대로 받아도 되지만, 용량이 커서..-.-;
자기 OS에 필요한 화일만 받으려면  먼저 자기 OS를 확인해야 함.

WindowXP : 이건 SFU를 설치해서 사용해야 함.(+X11도 깔아야 함)
                해본적이 없어서 어떨지 모르겠지만, 개인적으론 비추..
                차라리 VMware로 리눅스를 설치하는 게 낫지 않을까 싶음..--> nmrpipe.winxp.tar.Z
Linux : 옛날 버젼 NMRPipe를 구한 사람들은 커널 2.4이하와 2.6이상을 구별해야 함.
          요즘은 다들 fedora이상급을 쓰기 때문에 별로 구별안해도 됨. --> nmrpipe.linux9.tar.Z
Mac OS : MacOS X 10.4이상(현 시점기준), 개인적으로는 이쪽에서의 그래픽이 가장 예쁨.
Solaris : varian INOVA를 쓰는 컴이라면 solaris일 가능성이 높으니...
            따로 리눅스 컴퓨터로 프로세싱하길 추천하지만, 혹시나 해서.. --> nmrpipe.sol.tar.Z
SGI Irix 6.2 : 정말 오래전 Bruker 머신에 제공되던 컴퓨터..
                 혹은 Modelling하기 위해  Octane를 구입한  실험실이라면 쓰는 OS...
                 역시나 따로 리눅스 컴을.. --> nmrpipe.sgi6x.tar.Z

귀찮은 사람은 그냥 NMRPipe.tar를 받으면 OK.